中草药提取液中的主要杂质有蛋白质、鞣酸和果胶等大分子物质，在药液中大都以胶体形式存在。壳聚糖作为生物高分子絮凝剂，投加到溶液中经絮凝、吸附等物理化学反应，可将溶液中之有机、无机悬浮物、可溶性蛋白、淀粉，菌体及重金属离子等分离出来。

有试验表明：把常用中药陈皮、红花、萹蓄、菊花、木瓜、白蔹、车前草、大青叶、黄芩等中药材各60G以10倍量、8倍量水煎煮2次，每次1小时，合并煎液，过滤，浓缩，这些药的主要成分分别是有机酸、生物碱、黄酮、多糖等，用1%壳聚糖溶液进行絮凝，能有效保留其中大部分有效成分起到良好的澄清作用。